Dans /opt/letsencrypt/

 ./certbot-auto certonly --webroot --webroot-path /home/letsencrypt/ --domain nomdomaine.fr --domain www.nomdomaine.fr --email qqn@qqch.fr

Dans /home/letsencrypt/

créer les répertoires .well-known/acme-challenge

Dans le vhost port 80

Alias /.well-known  "/home/letsencrypt/.well-known"
<Directory "/home/letsencrypt/.well-known">
  Options Indexes MultiViews
  AllowOverride None
  Require all granted
</Directory>

Dans le .htaccess

# Rediriger HTTP vers HTTPS et gérer www en même temps
# 2 redirections en 1 seul coup pour éviter les chaînes de redirections.
# sauf le répertoire acme-challenge

RewriteCond %{HTTPS} off [OR]
RewriteCond %{HTTP_HOST} !^www\. [NC]
RewriteCond %{HTTP_HOST} ^(?:www\.)?(.+)$ [NC]
RewriteCond %{REQUEST_URI} !/acme-challenge/(.*)$
RewriteRule ^.*$ https://www.%1%{REQUEST_URI} [L,NE,R=301]