Dans /opt/letsencrypt/

./certbot-auto certonly --webroot --webroot-path /home/letsencrypt/ --domain nomdomaine.fr --domain www.nomdomaine.fr --email qqn@qqch.fr

Dans /home/letsencrypt/

créer les répertoires .well-known/acme-challenge

Dans le vhost port 80

Alias /.well-known  "/home/letsencrypt/.well-known"
<Directory "/home/letsencrypt/.well-known">
  Options Indexes MultiViews
  AllowOverride None
  Require all granted
</Directory>